Epicypher的CUTANA™ Fiber-seq試劑盒上線啦！
細胞如何精確掌控基因的表達時空？其核心機制在于調控蛋白間錯綜復雜的相互作用——這些蛋白協同決定了染色質的可及性與三維構象。這套精密的調控網絡不僅塑造了細胞的身份特征，也維系著基因組的穩定；一旦紊亂，便會誘發多種疾病。值得注意的是，基因調控主要作用于單個線性染色質分子層面，因此要繪制完整的染色質調控圖譜，亟需一種能在高分辨率下同步捕獲多重染色質特征的技術，Fiber-seq正是為實現這一愿景而誕生的創新方法。
什么是 Fiber-seq？
2020年, 華盛頓大學研究團隊在“Single-molecule regulatory architectures captured by chromatin fiber sequencing" 一文中發表突破性成果, 正式推出Fiber-seq技術。該方法依托第三代測序平臺-PacBio HiFi, 可在核苷酸分辨率上解析長達數千堿基的染色質纖維初級結構。
Fiber-seq 的核心優勢在于能夠從單條染色質纖維同步獲取遺傳與表觀遺傳圖譜。其策略是利用甲基轉移酶Hia5對開放染色質區域的腺嘌呤進行甲基化, 生成N?-甲基腺嘌呤 (6mA) 標記, 從而將染色質可及性信息“ 印刻 "(stencil) 到DNA分子上。隨后,通過Pacific Biosciences® (PacBio®) HiFi或Oxford Nanopore Technologies® (ONT) 等長讀長測序技術, 可在單個DNA分子上并行檢測這些人工引入的6mA標記與內源性DNA甲基化修飾, 實現真正的單分子多組學分析
如需購買Epicypher公司產品，請聯系Epicypher授權代理商欣博盛生物。
Fiber-seq的工作流程
Fiber-seq 的工作流程簡單且可擴展(見下圖)：
● 標記開放染色質：提取細胞核, 并與 CUTANA™ Hia5 短暫孵育10分鐘。該酶會對可接近的腺嘌呤進行甲基化, 生成 N6-甲基腺嘌呤(6mA)。
● 建庫與測序：使用標準的長讀長文庫制備方法, 對基因組DNA進行純化和建庫, 適用于 PacBio 或 Nanopore 測序平臺。
● 分析長讀長測序數據：長讀長測序平臺能夠同時檢測 “ 標記 "(stenciled) 的甲基化信號和內源性DNA甲基化, 從而生成單分子水平的染色質特征圖譜。研究人員還可將數據匯總, 進行群體水平的分析。
Fiber-seq 結果案例
● 圖例所示為：CUTANA™ Fiber-seq 在人白血病細胞(K562)中同時檢測開放染色質(以N?-甲基腺嘌呤，即6mA標記)和DNA甲基化(5mC)。該圖將Fiber-seq結果與ATAC-seq及CTCF CUT&RUN數據進行了比較。CTCF是一種結合DNA的蛋白，可調控染色質結構，通常富集于開放染色質區域。Fiber-seq圖譜中的每條水平線代表一條長讀長序列，展示了來自60條獨立染色質纖維的單DNA分子數據。
Epicypher的CUTANA™Fiber-seq試劑盒可以提供什么？
Fiber-seq技術為染色質生物學、表觀基因組學及疾病機制研究開辟了全新視角，應用前景廣闊。為推動該技術的普及應用，Epicypher與PacBio合作，憑借其在表觀遺傳學領域的深厚積淀，已將CUTANA™ Hia5酶(貨號: 15-1032-8rxn,15-1032-24rxn)商業化，并全新推出CUTANA™ Fiber-seq試劑盒(貨號: 14-2001-8rxn,14-2001-24rxn)。該試劑盒包含從細胞出發、直至獲得可用于文庫構建的純化DNA所需的全部關鍵試劑：
ltem | Cat. No. |
CUTANATM Hia5 For Fiber-seg | 15-1032 |
CUTANATM Fiber-seq Kit SAM | 21-1034 |
CUTANATM Fiber-seq Kit Pre-1X Reaction Buffer | 21-1033 |
CUTANATM Pre-Nuclei Extraction Buffer | 21-1021 |
1 M Spermidine | 21-1005 |
Proteinase K | 15-1033 |
RNase A | 15-1034 |
gDNA Spin Columns | 10-0016 |
gDNA Collection Tubes | 10-0017 |
gDNA Cell Lysis Buffer | 21-1029 |
gDNA Binding Buffer | 21-1030 |
gDNA Wash Buffer | 21-1031 |
gDNA Elution Buffer | 21-1032 |
推薦的Fiber-seq起始樣本量為：每反應使用1,000,000個原代人細胞核。該試劑盒已成功應用于凍存細胞核及輕度交聯的細胞核(有關最-新操作建議, 請參閱技術支持中心)。
Epicypher CUTANA™ Fiber-seq試劑盒的主要優勢：
● 單次檢測，多組學洞察：Fiber-seq 可在一次實驗中同時分析染色質可及性、DNA甲基化和遺傳變異，將通常需要三種或更多獨立實驗才能獲得的信息整合到一次長讀長測序(long-read sequencing，LRS)實驗中。
● 完整解決方案：該試劑盒包含從細胞出發、直至獲得可用于文庫構建的純化DNA所需的全部關鍵試劑。
● 用戶友好資源：配套的《用戶手冊》可以提供詳細實驗流程、質量控制(QC)要點、常見問題解答(FAQ)以及專家建議，助您快速上手；此外，經過實驗驗證的《快速啟動卡》(Quick-Start Card)以簡潔格式呈現操作步驟，便于實驗臺旁隨時查閱。 (需要這些資源的友友們可以聯系Epicypher一級代理商欣博盛生物)。
● 輕松整合工作流程：Fiber-seq 可在常規長讀長測序文庫制備前直接進行，整個流程耗時不到2小時，并且所用試劑均經過驗證，與主流LRS平臺(如 PacBio 和 Oxford Nanopore)的文庫制備試劑盒兼容。
● 搭載 Hia5 6mA 甲基轉移酶：Hia5 是目前活性最-高的 6mA 甲基轉移酶，為 CUTANA Fiber-seq 試劑盒獨-家使用。這種高活性酶可顯著縮短孵育時間，從而實現更高分辨率的蛋白質足跡檢測。
嚴格的質量控制：每一批次產品均經過嚴格的質控檢測，確保各組分在您的研究中提供穩定一致的結果。
Fiber-seq是一項突破性技術, 能夠在單條染色質纖維水平上同步繪制遺傳與表觀遺傳特征圖譜。僅需一次實驗, 即可獲得原本需整合ATAC-seq、ChIP-seq和亞硫酸氫鹽測序等多種方法數據才能實現的深度洞察。Epicypher的CUTANA™ Fiber-seq試劑盒提供的試劑可支持從細胞直接制備出適用于Pacific Biosciences®(PacBio®HiFi測序) 或 Oxford Nanopore Technologies®（ONT®納米孔測序）文庫構建流程的純化基因組DNA。
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